Er selbst hat an dem besagten Fundament entscheidend mitgewirkt, indem er Gen-Merkmals-Beziehungen für züchterisch relevante Eigenschaften aufgeklärt hat, Züchtungsstrategien entwickelte, neue Verfahren zur Hochdurchsatz-Phänotypisierung etablierte und die Möglichkeiten der Digitalisierung der Züchtung in Labor, Gewächshaus, Freiland ausgeschöpft hat. Dabei behielt er auch die genetischen Ressourcen der Weinreben im Blick, denn „sein“ Institut betreibt am Standort nicht nur eine eigene Genbanksammlung mit rund 3.800 verschiedenen Rebsorten und Wildarten sowie züchterisch wertvollen Zuchtstämmen, sondern koordiniert auch das nationale Netzwerk Deutsche Genbank Reben. Töpfer selbst unternahm zwei Sammelreisen (1999 und 2011) in den Osten der USA, um Vitis-Wildarten für die JKI-Sammlung zu sichern.

In der JKI-Genbank befinden sich alte und bislang in der Züchtung vernachlässigte Rebsorten aus dem deutschsprachigen Raum und seltene osteuropäische Kelter- und Tafeltrauben. Mehr als die Hälfte der Rebsorten sind Träger von Resistenzen gegen Mehltaupilze und damit wichtig Grundlage für die Züchtung neuer Rebsorten. Unter Töpfer´s Ägide erhielten folgende Neuzüchtungen aus dem Institut für Rebenzüchtung Geilweilerhof den Sortenschutz: Felicia (2004), Reberger (2004), Villaris (2004), Calandro (2011), Calardis Blanc (2018), Calardis Musqué (2023) und gerade erst wurden zwei neue Zuchtstämme zum Sortenschutz angemeldet.
Die Einführung der neuen Sorten in die Weinbaupraxis und schließlich in die Weinregale liegt Prof. Töpfer besonders am Herzen: „Will der Weinbau die volle Innovationskraft aus der Rebenzüchtung nutzen, dann sind neue Vermarktungskonzepte unabhängig vom Sortennamen gefordert. Denn die Züchtung wird schneller neue und bessere Sorten liefern als der Weinbau Vermarktungskonzepte für einzelne Sorten aufbauen kann.“
Doch Professor Töpfer wäre nicht der Botschafter der JKI-Rebenzüchtung, wenn er nicht auch hier mit gutem Beispiel vorangehen würde. Auf seinem eigenen privaten Weingut (rund 2 ha) hat er 1999 in der Großlage Siebeldingen „Im Sonnenschein“ die ersten Regent-Rebstöcke gepflanzt und später mit den weißen Sorten Calardis Blanc und Calarids Musqué ergänzt. Dem Züchtungsforscher wird also auch in seinem Ruhestand nicht langweilig werden.